Bà nghiên cứu về lịch sử xã hội, nhất là lịch sử miền Nam. Vấn đề lịch sử đầu tiên mà Hồ Tài Huệ Tâm chọn nghiên cứu là phong trào nông dân mà điển hình là sự ra đời của các đạo Hòa Hảo và Cao Đài ở miền Nam Việt Nam: "Hòa Hảo và Cao Đài là phong trào nông dân nhưng có mang tính tôn giáo, là hai hiện tượng rất miền Nam."[1]